Οι υπόγειοι Κήποι είναι ένα καινούριο πρόγραμμα που η «Υπόγεια Νάπολη», προσφέρει στους επισκέπτες της, μεταξύ άλλων εκπαιδευτικών και επιστημονικών δραστηριοτήτων. Στο σκοτάδι 35 μέτρα κάτω από την σύγχρονη Νάπολη, η ζωή συνεχίζεται. Αυτή η πρωτοβουλία ξεκίνησε κατα την παραμονή του προγράμματος Expo στο Μιλάνο 2015 , ένα πρόγραμμα αφιερωμένο στην προστασία της Γής. Πρόκειται για ένα κήπο πολύ βαθιά μέσα στην γή, σε ενα φιλόξενο περιβάλλον. Μακριά από την όξινη βροχή, την μόλυνση, το νέφος, και τους μικροοργανισμούς που είναι επικίνδυνοι ακόμα και για τον ίδιο τον άνθρωπο, παρόλα αυτα λειτουργεί με επιτυχία και προστατεύει την καλλίεργεια των παραδοσιακών φυτών. Επιπρόσθετα, η «Υπόγεια Νάπολη» έχει αρχίσει ένα πρόγραμμα με βοτανικά πειράματα. Αυτός ο υπόγειος χώρος δεν είναι μόνο ανοιχτός για τους Ιταλούς και τους ξένους επισκέπτες αλλά και στους μαθητές νέους και ηλικιωμένους, αλλά και για τους πανεπιστημιακούς ερευνητές και βοτανολόγους που χρησιμοποιούν τους Υπόγειους Κήπους για επιστημονική έρευνα. Το πρόγραμμα «Οι Κήποι της Υπόγειας Νάπολης» προσελκύει το επιστημονικό ενδιαφέρον εθνικών αλλά και διεθνών οργανισμών.
